release: prepare Desktop 0.13.12 and Agent 0.13.3

Complete the pending Supervisor changes with opt-in execution, incremental automatic reviews, and activity history. Preserve saved preferences and plans, skip model calls for unchanged input, and keep full replay and cancellation limitations explicit.

Update both release versions, bilingual notes, feature matrices, migration fixtures, and validation evidence. Clear stale browser errors after a successful close retry. Focused validation passed 690 tests across 35 files, plus notes verification, typecheck, and lint; full CI and native release acceptance remain pending. No local production build or packaging was run.

Release note: Enable Supervisor to review work, trace story graphs, and inspect manual or automatic activity without repeating model calls for unchanged input. Desktop 0.13.12 and Agent 0.13.3 also prepare idle remote Runtime cleanup and retirement of replaced Agents; update Desktop before the Host environment. Database upgrades require a pre-upgrade backup for rollback.

docs/features/application-tool-navigation/README.md

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 # 应用导航与系统工具入口
 
-本功能整理 GoodBuddy 主侧栏的入口层级：系统入口保持固定，四个内置应用共用可调整的保存顺序，知识库和智能心跳始终启用并常驻；
-魔法笔记和本机推理监控可通过应用管理控制启用和常驻。底部应用中心向上展开轻量锚定菜单，列出已启用应用；底部“管理应用”打开既有管理 Modal。系统工具由右侧工作栏 Tab 承载。应用商店是后续功能，首期不提供
+本功能整理 GoodBuddy 主侧栏的入口层级：系统入口保持固定，四个内置应用共用可调整的保存顺序，知识库始终启用并常驻；
+智能心跳、魔法笔记和本机推理监控可通过应用管理控制启用和常驻。底部应用中心向上展开轻量锚定菜单，列出已启用应用；底部“管理应用”打开既有管理 Modal。系统工具由右侧工作栏 Tab 承载。应用商店是后续功能，首期不提供
 商店入口、推荐位或安装流程。
 
 当前分期见 [PRD 第 8 节](./prd.md#8-分期)，实施步骤见[技术设计第 11 节](./technical-design.md#11-实施顺序)。
-本轮 A–D 已接入生产源码：应用菜单、应用管理 Modal、共享应用设置、持久化偏好及本机推理监控。菜单不按打开历史或常驻状态筛选，无模态遮罩；点击应用行关闭菜单，知识库、智能心跳和魔法笔记打开主内容区页面。本机推理监控从菜单、常驻入口或管理 Modal 打开时均使用独立 Modal，保留底层工作区。管理列表、菜单和侧栏按同一保存顺序排列，侧栏按启用和常驻过滤。知识库和智能心跳在管理 Modal 中提供“打开”和排序，不提供启用、常驻开关或通用空设置；原工作区配置及心跳单条计划 enabled 保持原义。验证范围及集成缺口见[实施进度](./progress.md)。
+本轮 A–D 已接入生产源码：应用菜单、应用管理 Modal、共享应用设置、持久化偏好及本机推理监控。菜单不按打开历史或常驻状态筛选，无模态遮罩；点击应用行关闭菜单，知识库、智能心跳和魔法笔记打开主内容区页面。本机推理监控从菜单、常驻入口或管理 Modal 打开时均使用独立 Modal，保留底层工作区。管理列表、菜单和侧栏按同一保存顺序排列，侧栏按启用和常驻过滤。知识库在管理 Modal 中提供“打开”和排序，不提供启用、常驻开关或通用空设置；原工作区配置及心跳单条计划 enabled 保持原义。验证范围及集成缺口见[实施进度](./progress.md)。
 
 新增计划包括 [私有化市场与 YAML 交换](./prd.md#fr-15-私有化市场与-yaml-交换后续)：
 通过市场 URL 获取应用，支持 `.yml` 导入导出，未来由 ShareServer 提供私有目录与分发。
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 ## 文档导航
 
-2026-09-16 后续应用组织决策：计划将现有“智能心跳”入口整合、升级为“监督者”，内部包含工作回顾和故事线图谱。未来市场复用同一应用身份，不增加平级重复入口。该更名与整合尚未实施；当前智能心跳始终显示、可排序，不提供应用级启用或常驻开关。目标定义见[监督者产品设计](../conversation-supervision/supervisor-prd.md)。
+现有 `heartbeat` 入口承载监督者工作回顾与故事线图谱，可管理启用、常驻和排序。应用默认关闭；完整执行边界见[应用启停与执行](../conversation-supervision/logic-design.md#应用启停与执行)。未来市场复用同一应用身份，不增加平级重复入口，目标定义见[监督者产品设计](../conversation-supervision/supervisor-prd.md)。
 
 | 文档 | 权威职责 |
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@@ -55,7 +55,7 @@ Demo 的模型管理和 F 方案均使用模拟数据；正式本机推理监控
 Demo 已移除左侧系统工具快捷区：文件、终端、浏览器和资源监控只在右侧
 工作栏 Tab 中演示，不列入应用中心。旧原型仍直接打开整窗 Modal，其中使用可搜索应用列表。
 
-Demo 待同步更正：本节仅描述旧原型，不是生产行为或验收依据。原型直接打开 Modal，以及知识库和智能心跳的启停、常驻、通用设置，均已过时；原型的常驻排序也不代表生产中四个应用的共享顺序。生产规则见上述说明及 UI 设计。Demo 已同步“本机推理监控”名称及其默认不常驻状态。
+Demo 待同步更正：本节仅描述旧原型，不是生产行为或验收依据。原型直接打开 Modal、知识库的启停设置，以及心跳默认启用和关闭仅隐藏入口的说明均已过时；原型的常驻排序也不代表生产中四个应用的共享顺序。生产规则见上述说明及 UI 设计。Demo 已同步“本机推理监控”名称及其默认不常驻状态。
 
 六个方案共用“我的应用”区：通过 ＋ 或“全部应用”选择常驻应用，编辑时可拖动或使用
 上下箭头排序、移除入口。内置应用默认全部启用；魔法笔记、知识库、智能心跳默认常驻，计划预览“本机推理监控”默认不常驻。