fix: stop repeated history migration after restart

Desktop 0.13.8 still treated SQLite freelist pages left by normal chat and note writes as evidence of pending migration when a file-backed note existed. Migration detection now checks only the schema version and legacy note payloads, while the startup worker reuses its confirmed pending decision during retries so actual migrations can still finish compaction.

Release note: 修复已有笔记用户正常聊天后重启仍重复显示历史迁移的问题；已完成迁移的数据继续按新格式保存，普通写入产生的空闲页不再触发迁移。

FEATURES.zh-CN.md

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 ### 开源、构建与发布
 
-- 当前源码候选为 Desktop `0.13.8`、Agent `0.13.2`，OpenCode 固定为 `1.18.29`、Continue 为 `1.5.47`；正式发布状态以独立发布渠道为准。
+- 当前源码候选为 Desktop `0.13.9`、Agent `0.13.2`，OpenCode 固定为 `1.18.29`、Continue 为 `1.5.47`；正式发布状态以独立发布渠道为准。
+- Desktop `0.13.9` 修复已有文件格式笔记时，正常写入后重启仍重复进入迁移的问题。Agent 与存储格式均不变；候选仍需主分支 CI 和原生发布打包，本次不构建 LoongArch 预览。
 - Agent `0.13.2` 同时携带 OpenCode 和 Continue，并交付原生执行清单；复合包要求 Desktop `0.13.8`，请先升级 Desktop，再更新 Host 环境。Node 保持 `24.19.0`。
 - 验证记录与功能状态分开。存储已有本地及 Linux x64 Host 真实工具任务、多项目多会话、取消和无损迁移验证；进程复用有 Windows 完整 App 与 Linux x64 Host 证据，PPTX OCR 与空闲内存释放有 Windows 真实文件证据。图片工具已有真实服务商生成/编辑及 Host 传输证据，这些记录未覆盖完整界面自然语言调用和本地/远程切换。候选仍需主分支 CI 及原生发布打包，详见[Runtime 验证记录](./docs/features/assistant-workbar/progress.md)与[图片工具验证记录](./docs/features/conversation-media-generation/progress.md)。
 - 发布准备前，`9836a4c` 已通过本地 4,858 项测试（67 项跳过）、完整类型检查和 lint；真实服务商画布分析仍未验证。该提交的三个原生 Agent CI 构建通过；桌面 CI `35485936807` 为 4,875 项通过、8 项 Electron 测试失败，均因 Linux 沙箱辅助程序未配置，在页面断言前退出。候选配置该程序并在 Xvfb 下运行测试，不关闭沙箱；候选本地验证、主分支 CI 与原生标签打包分别记录，不在发布准备中运行本地生产构建或打包。